Разработка кроссплатформенных мобильных приложений, на первый взгляд,
может показаться очень выгодным проектом.
Это так и есть, ведь Вы получаете приложение, которое можно собрать под все популярные платформы.
Но тут есть свои минусы, о которых и пойдет речь.

Производительность

Приложение на Phonegap работает медленнее, чем нативное. Тут все дело в технологиях: программа на Javascript загружается в Webview(встроенный браузер, есть во всех платформах) и работает в нем.
Кроме того, что производительность плохая, она может отличаться на различных платформах.
Лучше всего работает в iOS, существенно хуже в Android и просто ужасно в Windows Phone.

Различия в платформах

Теоретически после сборки приложение на Phonegap должно работать одинаково на всех платформах.
Но внутренние браузеры(Webview) различны. Поэтому в реальном проекте придется во многих местах ставить условные операторы и писать код специфичный для платформы(привет Internet Explorer в Windows Phone!).

Различные размеры устройств

Особенно характерно это для Android, где Вы можете встретить совершенно разные разрешения экранов.
Решается это использованием CSS Media Queries(благо они работают в iOS, Android, Windows Phone).

Утверждение приложения при выкладывании в App Store

Apple не любит такие приложения и с легкостью может отказать Вам.
Хотя я успешно выкладывал приложение на Phonegap в App Store.
Возможно важную роль играет дизайн, и, если дизайн Вашего приложения хорош, то и проблем не возникнет.

Итоги

Использовать Phonegap в реальных проектах можно, но делать это нужно осторожно.
Использование оправданно, если у Вас достаточно простое приложение и Вы хотите охватить как можно большее количество платформ.